PAInT menyadari bahwa pelayanan pembinaan Alkitab tidak cukup hanya sifatnya satu arah (one direction) tetapi juga memerlukan interaksi khususnya dengan kehidupan pribadi orang percaya. Pelayanan konseling ternyata sangat dibutuhkan agar pertumbuhan rohani dapat dirasakan dan dijalani seholistik mungkin. Berdasarkan permintaan jam-jam konseling dari sejumlah orang, maka pelayanan konseling dibuka untuk mendampingi pertumbuhan rohani orang-orang percaya.